生物質顆粒燃料基本是由塑料袋、紙袋或是編織袋進行包裝，無可避免要與空氣接觸。空氣中本身含有水分，顆粒遇到一定的水分就會松散。即使空氣再干燥，長期存放，生物質顆粒的壽命也會受到影響。生物質顆粒在存放過程中，影響顆粒的主要因素是溫度、濕度和存儲方式。濕度太大，溫度過高，生物質顆粒就會出現發霉、裂縫等現象，還可能引發生物質顆粒發熱量以及耐久性的變化，從而對顆粒的運輸和應用產生不利影響。生物質顆粒的存放環境相對濕度以10為界，小于10的可存放6個月，大于10的存放時間一般在1-3個月。因此，在存放生物質顆粒的時候一定要選擇好的環境，確保其濕度和溫度在正常范圍內。生物質顆粒的存儲量一般根據實際使用量而定，使用多少就存儲多少，一個月存儲一次就足夠了，盡量避免一次性大量存儲的情況。